Desde la campaña 2001/02 la cátedra de Fitopatología de la Facultad de Ciencias Agrarias de la Universidad Nacional de Rosario ha realizado relevamientos orientados a la detección temprana de la enfermedad de la roya en la soja, siendo meticulosos en la observación y consideración de aquellos lotes señalados como "sospechosos", ubicados en localidades del Sur de la provincia de Santa Fe, zona núcleo de producción de soja.
Por ello resulta oportuno realizar algunas consideraciones relacionadas con los siguientes aspectos del diagnóstico basado en caracteres morfológicos de la enfermedad:
Monitoreo y detección de la enfermedad: requiere saber dónde se localiza y, en consecuencia, dónde buscar y detectar la enfermedad.
Phakopsora es un hongo biotrofo que infecta el follaje desde el tercio o estrato inferior y avanza hacia la porción superior del follaje o canopeo. Por lo tanto, la búsqueda de síntomas y signos de roya debería realizarse siguiendo este mismo patrón de progreso o avance de la infección, según es la opinión de Roxana Pioli, profesora adjunta e investigadora de la cátedra de Fitopatología de la Facultad de Ciencias Agrarias (UNR), que hace conocer Agrodiario.
Diagnóstico e identificación a campo: el diagnóstico correcto requiere cierto entrenamiento visual para:
Localizar las pústulas de Phakopsora que se desarrollan principalmente en el estrato inferior y en el envés de las hojas.

Diferenciar los síntomas (respuestas visibles de la planta al patógeno) y los signos o pústulas (formas reproductivas de Phakopsora) causados por la roya de la hoja, de los expresados u originados por otras enfermedades fúngicas posibles de confundir, por ejemplo: mildew (Peronospora manshurica), mancha marrón (Septoria glycines), otras enfermedades de fin de ciclo como atizonamiento de las hojas por Cercospora kikuchii o antracnosis por Colletotrichum y enfermedades bacterianas (Pseudomonas y Xanthomonas) que comúnmente coexisten en el follaje.

Considerar que la enfermedad ocasiona dos tipos de lesiones foliares: tipo TAN (bronceadas) con abundante producción de uredios (pústulas) y urediniosporas; y lesiones más pequeñas, tipo RB (red-brown, marrón rojizas) menos productoras de uredios y urediosporas. Las urediniosporas constituyen la principal fuente de infección. Las teliosporas, sin embargo, pueden germinar y producir basidiosporas pero generalmente son vestigiales y, aparentemente, no jugarían un rol preponderante en el ciclo de la enfermedad.

Diferenciar y/o reconocer los síntomas y signos producidos por la enfermedad del daño foliar severo producido por plagas frecuentes como los trips y arañuela.

El diagnóstico a campo, basado en los caracteres morfológicos de la enfermedad, debería limitarse a la definición del agente causal a nivel de género: Phakopsora.
Diagnóstico del agente causal a nivel de especie: la diferenciación de ambas especies causales de roya, P. pachyrhizi y meibomiae, requiere de una caracterización a nivel molecular.
Manejo y aplicación de distintas estrategias de control: la variabilidad genética y la capacidad de supervivencia en plántulas de soja de rebrote ("plantas guachas") y diversos hospedantes secundarios (entre ellos, otras especies de la familia Leguminosae/Fabáceas) manifestadas por Phakopsora pachyrhizi, justifican coordinar actividades conjuntas orientadas al establecimiento de criterios y pautas de aplicación racional de las alternativas de control de la enfermedad.
Actualmente, la Facultad de Ciencias Agrarias de la UNR junto a la Facultad de Agronomía de la UBA han sumado esfuerzos para continuar con esta iniciativa, logrando establecer criterios comunes respecto de:
pautas de localización, visualización, y diagnóstico a campo, pautas de bioseguridad, y evaluación de diferentes alternativas de manejo de la enfermedad.