Se caracteriza por su topografía variada que comprende tres regiones, desde la alta serranía húmeda de la Siberia, los valles rodeados de montañas, y parte de las llanuras amazónicas.
Cuenta con la represa de Comarapa, que irrigaba en sus mejores momentos 2.440 ha de tierra para diversos cultivos, a través de canales que llegan hasta las zonas amenazadas por la sequía. Aunque hoy está casi seca
Su clima es templado y presenta fluctuaciones sustanciales en temperatura con la llegada de los frentes fríos del sureste durante el invierno. Tiene una temperatura media de 18 °C. Según el historiador y abogado comarapeño Joel Villegas Rojas, el nombre Comarapa obedece a la conjugación de palabras quechuas: con – Wara, que significan verde y campo que con el discurrir de los años se añadió la sílaba PA, llegando a constituirse en Conwarapa, y más tarde Comarapa, o sea Campo Verde, que es su característica nata.
