A esta pregunta no hay una respuesta única, debido a que existen varias formas de clasificación según el criterio utilizado. Como en cualquier sistema de clasificación, ninguno de estos nos puede dar toda la información que en algún momento se requiere, es por esto que se hace necesario recurrir a varios de los sistemas de clasificación, pero esto necesariamente implica el conocimiento de cada uno de ellos.

En primer término existe la clasificación taxonómica, la cual rige para todo organismo vivo. Es una clasificación en la que cada especie es ubicada en una estructura jerárquica que va desde Reino Vegetal, pasando por las categorías de Subreino, División, Subdivisión, Clase, Orden, Familia, Género y Especie. Con las dos últimas categorías se construye los que se denomina el nombre científico, que tiene la gran ventaja de ser de uso mundial: cualquier persona en cualquier lugar del mundo que hable cualquier idioma y conozca de cultivos estará al tanto que por ejemplo, Zea mays hace referencia al maíz y Oryza sativa hace referencia al arroz. Esta clasificación taxonómica, aun cuando permite una comunicación sin riesgo de equivocación al hablar de cultivos, no fue hecha específicamente para especies cultivadas, es tan solo usada por éstas, en tal sentido no logra agrupar a los cultivos mas allá de los que pertenezcan a determinada Familia (por ejemplo maíz, arroz, caña de azúcar, sorgo pertenecen a la familia Poaceae o Gramíneas).

Uno de los sistemas de clasificación de especies cultivadas mas popular es el que utilizan muchas agencias estadales relacionadas con la agricultura, quizás como una forma de facilitar la consolidación, intercambio y comparación de estadísticas agrícolas. Muchos países siguen esta clasificación para monitorear su producción agrícola. Esta es una clasificación con un criterio utilitario, que agrupa a los cultivos según el producto que genera, logrando entre las especies vegetales cultivadas la siguiente clasificación:

1. Cereales

Cultivos de ciclo corto perteneciente a la familia Poaceae o Gramíneas que normalmente se explotan en grandes extensiones, en que se comercializan sus granos con alto contenido de carbohidratos. Generalmente para uso agroindustrial. Ejemplo: maíz, arroz, sorgo.

2. Leguminosas

Cultivos de ciclo corto pertenecientes a la familia Fabaceae o Leguminosae que normalmente se explotan en grandes extensiones, en que se comercializan sus granos con alto contenido de proteínas. Generalmente para consumo directo (no pasan por procesamiento agroindustrial). Ejemplo: caraota, frijol, quinchoncho.

3. Oleaginosas

Cultivos mayoritariamente de ciclo corto, pertenecientes a varias familias taxonómicas, que normalmente se explotan en grandes extensiones y que se comercializan para la extracción de aceite de sus granos. Su uso es exclusivamente agroindustrial. Ejemplos: Ciclo corto: soya, girasol, ajonjolí. Ciclo largo: palma aceitera.

4. Hortalizas

Cultivos mayoritariamente de ciclo corto, pertenecientes a muchas familias taxonómicas, generalmente explotados en pequeñas superficies y que se comercializan para el consumo fresco de alguno de sus órganos (raíz, tallo, hoja, inflorescencia, fruto) con alto contenido de vitaminas, minerales y fibra. Ejemplo: tomate, pimentón, lechuga, zanahoria, brócoli.

5. Frutales

Cultivos mayoritariamente de ciclo largo, pertenecientes a muchas familias taxonómicas, generalmente explotados en grandes superficies y que se comercializan para el consumo fresco de sus frutos con alto contenido de vitaminas, minerales y fibra. Algunos se utilizan para producción agroindustrial. Ejemplo: naranja, mango, aguacate, parchita, cambur, piña.

6. Ornamentales

Cultivos que no son comercializados para alimentación, sino para ornato. Los hay de ciclo corto, ciclo largo, los hay que se comercializan por sus flores, otros por su follaje.

7. Raíces y tubérculos

Cultivos mayoritariamente de ciclo corto, algunos con manejo intensivo otros con manejo extensivo, que se comercializan para el consumo de sus raíces y tallos con alto contenido de carbohidratos. Ejemplo: papa, yuca, ocumo, ñame.

8. Cultivos para bebidas medicinales y aromáticas

Son especies cultivadas para obtener de ellas órganos vegetales utilizados para lograr infusiones, definiendo como infusión bebidas obtenidas a partir de la introducción de órganos vegetales en agua hirviendo. Es un grupo altamente variable en cuanto al ciclo de cultivo y al nivel de intensidad de producción. Ejemplo: te, café, manzanilla, malojillo, menta, etc.

9. Cultivos tropicales tradicionales

Son café, cacao, caña de azúcar y tabaco. Estos cuatro cultivos tienen muy pocas cosas en común, es mas una categoría de “no se sabe donde colocarlos”. Café y cacao pudieran colocarse en Frutales, café también pudiera colocarse en la categoría anterior (para bebidas medicinales y aromáticas).

10. Pastos

Cultivos mayoritariamente de ciclo largo que son utilizados para alimentar rumiantes mediante el consumo de sus hojas. Pueden ser ofrecidos al animal directamente en campo (potreros, pastizales donde está sembrado el pasto y el animal se alimenta directamente) o pueden ser pastos de corte, es decir, se corta el follaje, se seca y se empaqueta (heno) o se somete a un proceso de fermentación (ensilaje). Heno y ensilaje se usan para tener pasto para ofrecer al animal en épocas donde es difícil tener pasto en el potrero (en nuestro país en época de sequía, en otros países en invierno).

En esta clasificación utilitaria pueden presentarse algunas confusiones si se pretende combinar con la clasificación taxonómica. Así, por ejemplo, la soya pertenece a la familia Leguminosae, pero en esta clasificación no es considerada una leguminosa sino una oleaginosa, ya que el producto comercial que genera es aceite. Otro tipo de confusión se origina porque las categorías no necesariamente son excluyentes, así por ejemplo la papa, podría ubicarse en Raíces y Tubérculos, pero también puede clasificarse como una hortaliza, de forma similar la zanahoria y la remolacha, son raíces por lo tanto podrían clasificarse como Raíces y Tubérculos, pero normalmente se consiguen clasificadas como hortalizas. El girasol, la mayoría de las veces actúa como oleaginosa, pero si se siembra para la obtención de su flor entrará en la categoría de ornamentales.

Otro criterio de clasificación de los cultivos es según su ciclo, que a su vez también utiliza el criterio del establecimiento de la planta en su lugar definitivo de producción, o el uso de una etapa previa al establecimiento definitivo de la planta en campo. De esta manera los cultivos pueden ser clasificados de la siguiente manera:

1. Cultivos de ciclo corto

Son cultivos cuyo ciclo de vida no es superior a 1 año. La gran mayoría son cosechados solo una vez, puesto que la planta produce el fruto y al poco tiempo muere. Excepción a esta última condición son el tomate, el ají, el pimentón, los cuales producen muchos frutos en distintos momentos durante el ciclo de vida de la planta, impidiendo concentrar la recolección de frutos maduros en solo una cosecha, y por el contrario obligando a que la cosecha se dé varias veces durante su vida. Generalmente las plantas de cultivos de ciclo corto no viven mas de 1 año.

1.1. De trasplante

Cultivos que tienen 2 fases productivas, una primera de semillero y la siguiente en el sitio definitivo de establecimiento de la planta. El semillero es una fase en que se colocan las semillas en un sustrato que facilite la germinación y desarrollo inicial de la plántula. Una vez logrado cierto desarrollo, estas plántulas son retiradas del semillero y trasplantadas al sitio definitivo en que se desarrollarán y cosecharán. Ejemplos: tomate, ají, pimentón (fundamentalmente hortalizas).

1.2. Sin trasplante

Cultivos en los que la semilla es colocada en el sitio en que la planta se desarrollará y se cosechará. Ejemplos: maíz, arroz, sorgo, soya, girasol, caraota, ajonjolí.

2. Cultivos bianuales

Cultivos que requieren de dos años para completar su ciclo biológico, dándose el crecimiento vegetativo en el primer año, y logrando la emisión del tallo floral en el segundo año. Ejemplos de este tipo de cultivos son zanahoria, espinaca, col, perejil. En estos cultivos, en los que el aprovechamiento comercial no requiere de la floración de la planta, su ciclo comercial se da en menos de un año, comportándose por tal razón como cultivos de ciclo corto. Si la producción está orientada a la generación de semillas, el ciclo comercial sí será bianual.

3. Plantaciones

Son cultivos cuyo ciclo de vida es superior a 1 año. La cosecha se da varias veces durante la vida de la planta.

3.1. Sin vivero

Son plantaciones en los que la semilla o propágulo se colocan en el sitio definitivo del establecimiento de la planta, no se trasplanta. Ejemplo: caña de azúcar.

3.2. Con vivero

Son plantaciones en los que la semilla se colocar en un sustrato que facilite la germinación y desarrollo inicial de la plántula. Una vez logrado cierto desarrollo, estas plántulas son retiradas del semillero y trasplantadas individualmente a bolsas de polietileno, conformando así el vivero. Una vez que estas plantas alcanzan cierto nivel de desarrollo, las plantas son trasplantadas a su sitio definitivo de establecimiento. Ejemplo: café, cacao, muchos frutales

La combinación de la clasificación utilitaria y la clasificación según ciclo da mayor cantidad de información que cada una de las clasificaciones por separado. De esta manera, una clasificación un poco más integral de los cultivos resultaría en:
1.Ciclo corto1.De trasplante1.Hortalizas: por ejemplo tomate, pimentón, ají, zanahoria, cebolla.
2.Ornamentales

2.Sin trasplante1.Cereales: por ejemplo maíz, arroz, sorgo
2.Leguminosas: caraota, frijol, quinchoncho.
3.Oleaginosas: soya, girasol, ajonjolí
4. Raíces y tubérculos: papa, yuca
5.Ornamentales

2.Plantaciones1.Sin vivero1.Caña de azúcar
2.Pastos
3.Ornamentales

2.Con vivero1.Frutales: naranja, vid (uva), piña, parchita, aguacate, café, cacao
2.Oleaginosas: palma aceitera
3.Ornamentales